Hạm đội triều đình trợ chiến cho việc đổ quân xuống đảo Hokkaido, tiêu diệt các công sự bờ biển và tấn công các tàu của phiến quân. Ngày 4 tháng 5 tàu Chiyodagata bị quân triều đình chiếm được sau khi bị bỏ lại trên bờ và ngày 7 tháng 5, tàu Kaiten bị bắn trọng thương và loại khỏi vòng chiến. Banryū bắn chìm được tàu Chōyō của phe triều đình, nhưng Banryū sau đó cũng bị chìm vì hỏng nặng.

Hải quân Đế quốc Nhật Bản thắng trận, cuối cùng dẫn đến sự đâu hàng của Cộng hòa Ezo vào cuối tháng 5 năm 1869.

Tàu của hải quân nước ngoài — Anh HMS Pearl và Pháp Coetlogon — ở thế trung lập trong cuộc chiến. Thuyền trưởng Pháp Jules Brunet người đã huấn luyện phiến quân và giúp tổ chức phòng thủ, đầu hàng trên tàu Coetlogon ngày 8 tháng 6 năm 1869

Thủy sư đô đốc Togo Heihachiro tham chiến trong trận này về phe triều đình, là một sĩ quan hạng ba trẻ, trên tàu Kasuga.